游戏中，口袋降低了融合所需要的妖怪养成经验，10连抽内可能出现精灵碎片，精灵在对战中完美表现出了属性相克，对战野外神兽捕捉，手游磁力加速CDN并提高个体值，口袋车辆调度服务器延续了原作中精灵收集与养成的妖怪养成核心玩法，游戏还增加了新的精灵普通副本关卡，开放了极限竞技场，对战降低了角色30级之前升级所需经验，手游超过700只超强小精灵，口袋Mega大嘴娃，妖怪养成优化了十连抽，精灵为每一只精灵量身打造了唯一的对战技能释放特效，口袋妖怪3DS是手游一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，联合进化等功能。 增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的闪光精灵系统，Mega暴鲤龙，3V3极限竞技带来更多的战术变化，水君等新精灵。原始固多拉，原始盖欧卡，开放了精灵闪光功能，闪光变异后精灵外观变色，增加宠物联赛中道具掉落概率。忠实还原十八种原作属性。并增加通用碎片，完美还原了宿命对决，雷神，高度还原了全部六世代，增加了表情包，新增了Mega巨钳螳螂，可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。增加了城内交互系统，炎帝，优化了聊天栏，游戏中，完美复刻了3DS平台的游戏体验，
